清关是指在口岸海关进行的申报、查验、缴税、放行等一系列程序的通称。清关即结关，习惯上又称为通关。货物在清关期间受海关监管，不可以自由流通。跨境电商所有的包裹都需要经过海关，海关会仔细检查每一个包裹，违禁物品会被海关扣留，高货值物品会被征税，未正常交税的物品会被退回。
如果包裹在目的地海关被抽检到没有马上放行，就需要交税后才能放行。发生海关没有放行的情况时，需要买家配合海关进行清关。卖家支付给物流公司的费用仅是从卖家手上递送到买家手上的费用，不包含清关所产生的税费。
跨境电商出口的通关流程介绍如下。
(1) 在“跨境电商服务平台”上备案。
(2) 货物售出后，电商、物流、支付企业向“跨境电商服务平台”提交订单、支付、物流三单信息。
(3)“跨境电商服务平台”完成三单比对，自动生成货物清单，并向“中国电子口岸”发送清单数据。
(4)货物运往跨境电商监管仓库。
(5)海关通过“跨境电商服务平台”审核，确定单、货相符后，将货物放行出口。
(6)跨境电商企业凭报关单向国税局申请退税。
