作为与跨境电商具有高关联度的海关，国家政策要求“优化配套的海关监管措施”。传统的外贸都是大额订单模式，但是跨境电商的模式是小额和多批次。显然，过去针对一般贸易的大货监管模式是无法适应跨境电商的，因此，海关总署在2014年增列了“9610”“1210”等监管方式代码，并通过海关总署第56号公告《关于跨境贸易电子商务进出境货物物品有关监管事宜的公告》明确了跨境电商进出境货物、物品的监管流程。
有了监管方式代码和监管流程指导，各跨境电商试点城市的海关可以制定具体的操作流程，从而将海关总署的政策落实下去。对于商检，国务院要求“完善检验检疫监管政策措施”，于是2013年11月，国家质量监督检验检疫总局出台了《关于跨境电子商务零售出口的指导意见》;2015年5月，国家质量监督检验检疫总局下发了《关于进一步发挥检验检疫职能作用促进跨境电子商务发展的意见》。对于财税，国务院要求“明确规范进出口税收政策”。针对出口，财政部和国家税务总局在2013年12月下发了《关于跨境电子商务零售出口税收政策的通知》，明确了出口跨境电商企业享受出口退税或免税的条件。在该政策下，大部分电商企业受制于增值税发票等因素，依旧无法享受退税。
